Socjolog, społecznik i samorządowiec z ponad dwudziestoletnim doświadczeniem w administracji publicznej oraz sektorze organizacji pozarządowych. Absolwent Instytutu Stosowanych Nauk Społecznych Uniwersytetu Warszawskiego.
W latach 2006–2021 pełnił kluczowe funkcje w administracji samorządowej m.st. Warszawy. Jako twórca i dyrektor Centrum Komunikacji Społecznej Urzędu m.st. Warszawy wprowadził innowacyjne metody zarządzania miastem, oparte na partycypacji społecznej i wykorzystaniu danych publicznych. Był także koordynatorem projektu „Miejskie Centrum Kontaktu 19115” usprawniającego kontakt mieszkańców z urzędem. W latach 2013–2021 pełnił funkcję Sekretarza m.st. Warszawy.
Od 2021 roku jest dyrektorem Centrum Analiz i Badań Unii Metropolii Polskich, gdzie realizuje projekty badawczo-analityczne dotyczące największych polskich miast i ich obszarów metropolitalnych. Równolegle pełnił funkcję członka zarządu spółki technologiczno-badawczej Gemius SA. W styczniu 2024 roku został powołany na prezesa Polskiej Wytwórni Papierów Wartościowych S.A., którą kierował do października 2024 roku.
Marcin Wojdat został odznaczony Brązowym Krzyżem Zasługi i Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski za zasługi na rzecz rozwoju społeczeństwa obywatelskiego w Polsce.